XX əsrin əvvəllərində Əhməd bəy Ağaoğlu Qərb mədəniyyəti ilə İslam mədəniyyəti arasında uzlaşdırma yolu ilə “islam millətçiliyi” elmi-rasional nəzəriyyəsini irəli sürmüş, sonralar onu siyasi-dini birlik kimi təbliğ etmişdir. Hüseyn Baykara, Mirzə Bala Məhəmmədzadənin mülahizələrincə, həmin dövrdə Ə.Ağaoğlu qabaqcıl ziyalı kimi, əsasən, İslam dinində islahatlar aparmaqla müsəlmanların ictimai-siyasi tərəqqisinə və yüksəlişinə çalışmış, daha çox “islam millətçiliyi”ni, ya da islamçılığı təbliğ etmişdir. Azərbaycan Türk milli ideyasının müəllifi, milli ideoloq Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin təbrincə desək, bu dövrdə “milliyyətpərvərliyin ən addı-sanlı mürşidləri, başda Ağaoğlu Əhməd bəy olmaqla, islamçılıqla türkçülüyü çox da ayırmır, türklük namına deyil, müsəlmanlıq namına mübarizə aparırdılar. Milli hərəkatımızın adı “panislamizm” idi. Bu yalnız rusların xətası deyildi. Özümüz də islamiyyəti milliyyət məfhumu yerində işlədirdik”. 

Qeyd edək ki, o, “islam millətçiliyi” nəzəriyyəsini müdafiə edənə qədər daha çox “İran şiəçiliyi”nə meyil göstərmişdir. Hər halda XIX əsrin sonu, XX əsrin əvvəllərində şiəlik anlamında iranlılığın, sünnilik anlamında isə osmanlılığın təbliğ olunması Ağaoğludan da yan ötməmişdir. 1890-cı illərdə şiəçiliyə, “iranlılığ”a, “İran mədəniyyətinə” aludə olan Ağaoğlu Parisdə, daha sonra Tiflisdə nəşr olunan “İran cəmiyyəti” başlıqlı silsilə məqalə¬lərində üç məsələyə 1) İslam aləmi, 2) İran cəmiyyəti, 3) şiəliyə xüsusi diqqət yetirmişdir. Ə.Mirəhmədov yazırdı: “Nəhayət, o illərdə Ağaoğlu nəinki Avropa Şərqşünaslığının Azərbaycan və İran haqqında bəzi yanlış müddəalarının təsirlərindən azad deyildi, o, özünü həm də İran mədəniyyətinin mümayəndəsi, şiəliyin ardıcıl tərəfdarı kimi təqdim edir, hətta bu İslam məzhəbini müstəqil, ayrıca bir din kimi alırdı”.

Ümumiyyətlə, bu məqaləsində Ağaoğlu göstərir ki, İslam aləminin nicatı olan “İran” Fransanın Avropada oynadığı rolu oynayaraq yeniləşməyə çalışan Türkiyəni belə qabaqlayacaqdır. Bu anlamda  ingilislərin “İran”a toxunmasını onlar üçün bir bomba təhlükəsi kimi xarakterizə edən Ağaoğlu hesab edirdi ki, “İran” üçün şiə təmayüllü ruhanilik institutu heç də gerilik hesab oluna bilməz. Mirəhmədov yazır: “Ruhanilik institutunun demokratik mahiyyətdə olduğunu, səylə nəzrə çatdıran müəllif iddia edir ki, bizdə əhalinin bütün təbəqələrinin ruhani təhsil-tərbiyə almaq və molla olmaq imkanı vardır. Burada ruhanilərin mənfi keyfiyyətləri də qeyd edilir və onların öz vəzifələrini icra edərkən yol verdikləru çoxlu mənfi hallar həyati misallarla tənqid olunur. İranın İslamı qəbul etməsinin qısa tarixçəsi veriləndən sonra yeni dini təfəkkürün qədim İran məzhəb və etiqadları ilə varislik əlaqəsinin səciyyəsi müəyyənləşdirilir və şiəlyin yayılması bu aspektlərdə tədqiq edilir. Müəllif ölkənin tarixindən və xalqın mənəvi-əxlaqi aləmindən çıxış edərək ortodoks İslamla şiəçilik arasındakı qarşdurmanın qanunauyğunluğunu sübuta çalışır”. Ağaoğlu yalnız qismən 1895-ci ildən sonra, özəllklə də XX əsrin başlarından irançılıq, şiəçilik hisslərindən uzaqlaşaraq öncə “İslam millətçiliyi”, daha sonra da türkçülüyün ideoloqu olmuşdur.

“İran şiəçiliyi”ndən uzaqlaşandan sonra Ağaoğlu “islam millətçiliyi” nəzəriyyəsinin qızğın müdafəçisi olub, onu soldan və sağdan tənqid edən tərəqqiçilərə və  mühafizəkarlara qarşı mübarizə aparmışdır. Mühafizəkarların yeritdikləri ideya xətti ilə bağlı Ağaoğlu yazırdı ki, onlar həddən artıq yeniləşməyə qarşı çıxmaqla səhvə yol vermişlər. Müsəlman xalqlarının yeniləşməkdən tamamilə yan qaçmalarının yanlış olduğunu yazan Ağaoğlunun fikrincə, mühafizəkarların bu məsələdə gəldikləri qənaətə görə, müsəlman xalqlarının bütün fəlakətləri, yəni əxlaq pozğunluğu, özbaşınalıq, keçmişə sayğısızlıq və sərbəst düşüncə onların adət-ənənələrdən üz çevrimələri ilə bağlıdır, bu çox da doğru deyildir: “Buradan da onlar (mühafizəkarlar – F.Ə.) belə nəticəyə gəlirlər ki, xilas yolu nə Avropada, nə də həyatın məntiqinin axtarılmasındadır. Sadəcə, şəfaverici keçmişə qayıtmaq lazımdır. Bu keçmiş öz ecazkar qüvvəsi ilə müsəlman aləmini xilas edəcəkdir”. 

O, sübut etməyə çalışırdı ki, Avropanın inkişafına səbəb olan mütərəqqi ideyalardan imtina edib ancaq “şəfaverici keçmiş”ə qayıtmaqla müsəlman xalqlarının geriliyini, nadanlığını və cəhalətini aradan qaldırmaq mümkün deyildir. Onun fikrincə, bu anlamda müsəlman xalqlarının oyanışı, inkişafı yolunda ən başlıca əngəllərdən biri elə yaxın dövr əcdadlarımız və mühafizəkar ruhanilərdir ki, ilk növbədə, onlardan qurtulmaq lazımdır. Məhz onlar öz ulu əcdadlarının əqli və mənəvi sərvətlərini unudub sonrakı nəsillərə miras əvəzinə yalnız zülmət və nadanlıq, mövhumat və xurafat, əldən düşmüş bədən, quru və kütləşmiş beyinlər qoyub gediblər. Ə.Ağaoğlu yazır: “Ah, bu keçmiş! Axı o bizdən nə istəyir? Onun bizi hər mənada – həm maddi, həm zehni, həm mənəvi baxımdan məhv etməsi, dilimizi, dinimizi, xalqımızı, xəlqiliyimizi məhv etməsi yetməzmi!”. 

Ağaoğlu mühafizəkarların “şəfaverici keçmiş”ə qayıtmaq məsələsində yaxın dövr əcdadlarının mirasını qəbul etməmiş, üstəlik onların heç bir fərq qoymadan ümumilikdə  yeniləşməyə qarşı olmalarını doğru saymamışdır. O, yazırdı: “Ata-babadan qalmış bəzi qayda və adətlərimiz də var ki, sədd kimi bizi nicat və fəlahətdən saxlayır. Min illərdən bəri o qədər bizim dillərimizi, əqllərimizi, qələm və fikirlərimizi döyüb döyənəyiblər ki, indi bizdə söz danışmağa, fikir cari etməyə, özümüzün qabiliyyətimizi izhar etməyə taqət və cürət qalmayıb”. O, daha sonra yazırdı: “Cümləyə məlumdur ki, biz müsəlman tayfası çoxdan bəri ata babamızın adət və qaidəsi olan və din mübəyyinmizin üsul əsas olan şura, ictimai və məşvərət yolunu unudub qeyriləri əlində səğir sürü kimi idarə olunmaqda idik. Padşahlarımız, xanlarımız, əmir və üməralarımız göydən göndərlən hakimi-mütləq surətində  hər nə arzu və həvəsləri var isə, bizə cəbri və zülmü qəbul etdirməkdə davam edirdilər. Qeyri-tayfalar arasına düşənlərimiz də həmin surətdə idarə olunurdular”.

Ancaq Ağaoğlu onu da qeyd edirdi ki, milli adət-ənənələrdən və şəriət qayda-qanunlarından uzaqlaşma son dövrlərdə olmuşdur. Belə ki, vaxtilə Türk dövlətləri (Səlcuqlar, Çingizlər, Teymurilər və b.) məşvərətsiz, şurasız və qurultaysız heç bir iş görmə¬yib və bunun da nəticəsində böyük imperiyalar qurublar. Eyni zamanda, İslam dini özü də ictimai ümmət olub, həm peyğəmbər, həm də bir çox xəlifələr uzun müddət məşvərət və şura ilə qərar qəbul ediblər. O, yazırdı: “Lakin tarix getdikcə həm tayfamızın və həm məzhəbimizin qaidələrini unutduq. Və bu tazə qaidə və ruşən sayəsində başımıza nə qədər bəlalar, fəlakətlər gəldi... Lakin bu fəlakətlərin, bu bəlaların cümləsindən artıq hökmdarlığımızı, vilayətlərimizi əldən vermək olmayıb ən əvvəl və ən mühim bizim təbiətimizə şimdiyədək olan əsəridir”. 

“İslam, Axund və Hatifülqeyb” (1904) adlı əsərində də  İslamla bağlı olaraq son əsrlərdə yaranmış mövhumata, xurafata, dini fanatizmə diqqət yetirən Ağaoğlu riyakar ruhaniləri başa salmaq istəmişdir ki, onların islamın adı ilə bağlı gördükləri işlər bu dinə mənfi təsir göstərmiş, onun qüdrətini zəiflətmişdir. Əsərdən məlum olur ki, müsəlmanların çoxu islamın, Quranın əsil mahiyyətini bilmir və burada da əsas günahkar din xadimləridir. Çünki “cəmi əmaviri-nəvahiyi-islam siz axundların vasitəsilə və haman fikri-batil ki, “şəriəti-tahirə hökm edən”in bərəkəti ilə riyakarlıq və zahirpərəstlik olub, bilmərrə islamın mahiyyətinə, yəni insan qəlbinə etina etmirsiz. Odur ki, müsəlmanların içərisində zahiri ibadət və itaət ilə belə bu qədər riyakar, bəkirdar mütəqəlliblər artıb”. 

Mühafizəkarlar bütövlükdə yeniləşməyə qarşı çıxıb “şəfaverici keçmiş”i nicat yolu bildikləri halda, əksinə, tərəqqiçilər isə əsasən “şəfaverici keçmiş”lə birdəfəlik vidalaşıb yalnız yeniləşmə tərəfdarı idilər. Hətta, bəzi tərəqqiçilər, xüsusilə də sosial-demokratizm ideyasının həddən çox təsir altına düşənlər deyirdilər ki, milli-dini adət-ənənələrdən tamamilə imtina edilməli və Avropa xalqlarınını keçdikləri yol burada da olduğu kimi tətbiq edilməlidir. Tərəqqiçilərdən sosial-demokratlara münasibətdə Ə.Ağaoğlunun özü də ilk dövrlərdə, ümumilikdə heç də marksizmi islam dininə zidd saymamış, hətta 1905-1906-cı illərdə yazdığı bəzi məqalələrində onların elmi sosializm ideyasını təqdir etmiş, sosializmin əsas qayəsinin bəşər övladının mənəvi və maddi səadəti olduğunu bəyan etmişdi. 

Ancaq çox keçmədən Ağaoğlu marksizmi, xüsusilə rus bolşevizmini kəskin şəkildə tənqid etmişdir. Ona görə, hər hansı cəmiyyətdə əsas məsələ kimi sinfi mübarizəni görmək doğru deyildir. O, yazırdı: “Sinfi mübarizə müxtəlif xalqlar arasında münasibətləri izah etmək üçün həddindən artıq elastik, həddindən artıq uzun, dumanlı haldır. Əgər bu termin altında əhalinin müxtəlif, maddi cəhətdən bir-birindən asılı təbəqələri arasında maraqlar toqquşması başa düşülürsə, onda sinfi mübarizə ilk növbədə, eyni millətin ayrı-ayrı qrupları arasında meydana gəlməlidir. Aydındır ki, bu cür toqquşmalar, məsələn, erməni işəgötürənlər ilə erməni işçiləri, erməni kapitalistləri ilə erməni kəndliləri arasında özünü büruzə verməli idi; eyniliklə türklərdə, gürcülərdə və başqalrında belə olmalı idi. Lakin biz bu hala rast gəlmirik və onun bizdə mövcud olması hələlik qeyri-mümkündür”. O, daha sonra yazırdı: “Bu da aydınıdr: sinfi mübarizənin yaranması üçün cəmiyyətin ayrı-ayrı təbəqlərinin öz daxili birliyini, öz həmrəyliyini dərk etməsi lazımdır, bunlar isə yalnız çox yüksək kütləvi inkişaf vaxtə mümkündür. Avropa “sinfi mübarizə” yoluna çoxdanmı qədəm qoyub? Çoxdanmı oradakı “dördüncü zümrə” özünə qarşı az-çox şüurla yanaşmağa başlayıb? Xaricdə bu zümrə indiyədək  qaranlıq cəhalətdə qalmaqdadır və onunh şüurlu rəhbərləri kütlənin bu cəhalətindən heç də az məyusluq keçirmir. Onda bizim Qafqazda hansı sinfi mübarizədən söhbət gedə bilər?”.

Ümumilikdə, Ağaoğlu onun sosializmlə bağlı bəzi yazılarına istinad edilərək “sosialist” adlandırılmasını isə səhv hesab etmişdi. Hətta, “Materializmin təntənəsi və əsassızlığı” (1908) məqalə-sində fəlsəfədə materializm cərəyanının əsassızlığını sübut etməyə çalışan Ağaoğlunun fikrincə, müəyyən bir dövrdə “qalib” durumda olan Marksın materialist təlimi hazırda öz əhəmiyyətini itirmişdir.